يعتبر قسم التشريح من أول الأقسام الأكاديمية التي أنشئت في كلية الطب منذ بدايتها في عام 1395ھ (1975م).وعند انتقال الكلية إلى المركز الطبي الجديد في بداية العام الدراسي 1415ھ شغل قسم التشريح الدور الأول والبدروم من المبنى رقم ثمانية ويوجد بالقسم عدد من المتاحف منها المتحف المفتوح لجسم الإنسان ومتحف قسم التشريح الأساسي ومعمل الوسائط المتعددة (Cyber-Anatomy) ومعمل المهارات التشريحية المزودة بأحدث التقنيات والوسائل الحديثة في التعليم. ويقوم القسم بتدريس مادة تشريح جسم الإنسان وعلم الأنسجة وعلم التشريح العصبي وعلم الأجنة لطلاب و طالبات الكليات الطبية والصحية مثل كلية الطب البشرى وكلية طب الفم والأسنان وكلية الصيدلة وكلية العلوم الطبية التطبيقية و كلية التمريض، كما يقوم بالتدريس في برامج الدراسات العليا (ماجستير و دكتوراه و البورد السعودي لعديد من التخصصات). وقد ترأس القسم عند تأسيسه أ.د. محمد طاهر شريف و تلاه كل من أ.د. نواب محمد خان و أ.د. فيصل بن إبراهيم زاهر و أ.د. عبد المنعم الحيانى و أ.د. محمد حسن باداود ويرأس القسم حاليا أ.د. حامد عبد الرؤوف صالح.